南京市第二医院(南京中医药大学附属南京医院，徐州医科大学南京第二临床学院，东南大学附属第二医院)，同时挂牌南京市肿瘤医院。由宋美龄基金会创建于1933年，是集医疗、教学、科研、预防为一体，以“精专科、强综合、重防治、应突发”为特色的三级甲等医院。医院先后荣获卫生部“全国卫生系统抗击非典先进集体”、中组部“全国防治非典型肺炎工作先进基层党组织”、国家卫生计生委“人感染H7N9禽流感疫情防治工作中表现突出单位”、“国家埃博拉出血热疫情防控先进集体”、“全国抗击新冠肺炎疫情先进集体”、“全国先进基层党组织”等荣誉称号。

医院是全国肝胆病防治技术示范基地、全国妊娠乙肝防治示范基地，全国脂肪肝规范诊疗中心，难治性癌痛规范化诊疗示范基地、江苏省博士后创新实践基地。国家药物临床试验机构。医院同时是江苏省传染科医疗质量控制中心、省中西医结合肝病研究中心、省病毒性肝炎诊疗中心、省重症疟疾诊疗中心、省重危孕产妇救治指导中心、南京市消化病临床医学中心、南京感染病学临床医学中心、南京地区市级胸痛救治中心建设单位。

医院现有感染性疾病科1个国家临床重点专科，感染性疾病学、传染科、肿瘤科、妇产科、普通外科、肝病科、结核科7个江苏省重点学科、专科，中西医结合科1个江苏省示范中医科，肠道及其他传染病科、检验科、医学影像科、重症医学科4个南京市重点专科，中心实验室1个南京市医学重点实验室，国家中医药管理局重点研究室1个。传染病学位列2019年度中国医院科技量值（STEM）排名第25位，名列江苏省第一。

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